Игра Prototype запомнилась тем, что ее главный герой, заполучивший благодаря вирусу Blacklight сверхспособности, мог за считанные секунды устроить ад в отдельно взятом квартале. Вторая часть остается верна традициям.
В оригинальном Prototype ты управлял Алексом Мерсером - суровым парнем, умеющим поглощать врагов вместе со всеми их знаниями и способностями. Протагонист Prototype 2 - Джеймс Хеллер, вояка, вернувшийся домой и обнаруживший, что город вместе с родными вымер, а Алекс, вроде как, во всем виноват. Веселье начинается после того, как столкнувшись с Джеймсом, Алекс заражает его примерно аналогичными способностями.
